Tabelas de contagem
Vamos usar utilizar os mesmos dados de caixetas utilizados na seção 7.1.
A função table() permite contar valores em fatores e vetores.
caixeta <- read.table("caixeta.csv", sep = ",", header = T)
## [1] "local" "parcela" "arvore" "fuste" "cap" "h" "especie"
## [8] "ab"
# podemos resumir quantos individuos tem de cada espécie (considerando que cada linha é um individuo)
table(caixeta$especie)
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Var1
|
Freq
|
|
Alchornea triplinervia
|
15
|
|
Andira fraxinifolia
|
4
|
|
bombacaceae
|
1
|
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Cabralea canjerana
|
4
|
|
Callophyllum brasiliensis
|
7
|
|
Calophyllum brasiliensis
|
4
|
|
Cecropia sp
|
1
|
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Coussapoa macrocarpa
|
3
|
|
Coussapoa micropoda
|
9
|
|
Cryptocaria moschata
|
2
|
|
Cyathea sp
|
2
|
|
Eugenia oblongata
|
2
|
|
eugenia3
|
1
|
|
fabaceae1
|
1
|
|
Ficus sp
|
2
|
|
Gomidesia sp
|
1
|
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Ilex durosa
|
8
|
|
Ilex sp
|
2
|
|
indet.1
|
1
|
|
indet.2
|
1
|
|
indet.3
|
1
|
|
Inga sp
|
4
|
|
Jacaranda puberula
|
2
|
|
jussara
|
37
|
|
Matayba sp
|
1
|
|
Mela 1
|
63
|
|
Mela 2
|
2
|
|
Myrcia sulfiflora
|
96
|
|
Myrtaceae 3
|
3
|
|
myrtaceae1
|
4
|
|
myrtaceae2
|
1
|
|
myrtaceae4
|
1
|
|
Pera glabrata
|
1
|
|
Persea sp
|
3
|
|
Pisonia sp
|
2
|
|
Psidium sp
|
20
|
|
Simplocos sp
|
2
|
|
Solanum sp1
|
1
|
|
Solanum sp2
|
1
|
|
Syagrus romanzoffianus
|
1
|
|
Tabebuia 1
|
10
|
|
Tabebuia cassinoides
|
698
|
|
Tibouchina nutticeps
|
2
|
# mostra as tres especies mais abundantes
sort(table(caixeta$especie), decreasing = T)[1:3]
|
Tabebuia cassinoides
|
Myrcia sulfiflora
|
Mela 1
|
|
698
|
96
|
63
|
# quantos individuos por localidade?
table(caixeta$local)
|
chauas
|
jureia
|
retiro
|
|
426
|
241
|
360
|
# especie por localidade
tb <- table(caixeta$especie, caixeta$local)
head(tb, 3) # mostra as tres primeiras linhas
|
|
chauas
|
jureia
|
retiro
|
|
Alchornea triplinervia
|
0
|
3
|
12
|
|
Andira fraxinifolia
|
0
|
4
|
0
|
|
bombacaceae
|
0
|
1
|
0
|
# tabela de presenca e ausencia de especie por localidade
tb <- table(caixeta$especie, caixeta$local)
# quem tem mais de 0 individuos está presente
# portanto, substituo por 1
tb[tb > 0] <- 1
|
|
chauas
|
jureia
|
retiro
|
|
Alchornea triplinervia
|
0
|
1
|
1
|
|
Andira fraxinifolia
|
0
|
1
|
0
|
|
bombacaceae
|
0
|
1
|
0
|
|
Cabralea canjerana
|
0
|
1
|
0
|
|
Callophyllum brasiliensis
|
1
|
0
|
0
|
|
Calophyllum brasiliensis
|
0
|
1
|
0
|
# sendo assim, posso ver o numero de especie por localidade aplicando a suma das linha que tem 1 para cada coluna
apply(tb, 2, sum)
## chauas jureia retiro
## 13 22 13