7.2 Tabelas de contagem

Vamos usar utilizar os mesmos dados de caixetas utilizados na seção 7.1. A função table() permite contar valores em fatores e vetores.

caixeta <- read.table("caixeta.csv", sep = ",", header = T)

names(caixeta)

## [1] "local"   "parcela" "arvore"  "fuste"   "cap"     "h"       "especie"
## [8] "ab"

# tem a coluna especie

# podemos resumir quantos individuos tem de cada espécie (considerando que cada linha é um individuo)
table(caixeta$especie)

Var1	Freq
Alchornea triplinervia	15
Andira fraxinifolia	4
bombacaceae	1
Cabralea canjerana	4
Callophyllum brasiliensis	7
Calophyllum brasiliensis	4
Cecropia sp	1
Coussapoa macrocarpa	3
Coussapoa micropoda	9
Cryptocaria moschata	2
Cyathea sp	2
Eugenia oblongata	2
eugenia3	1
fabaceae1	1
Ficus sp	2
Gomidesia sp	1
Ilex durosa	8
Ilex sp	2
indet.1	1
indet.2	1
indet.3	1
Inga sp	4
Jacaranda puberula	2
jussara	37
Matayba sp	1
Mela 1	63
Mela 2	2
Myrcia sulfiflora	96
Myrtaceae 3	3
myrtaceae1	4
myrtaceae2	1
myrtaceae4	1
Pera glabrata	1
Persea sp	3
Pisonia sp	2
Psidium sp	20
Simplocos sp	2
Solanum sp1	1
Solanum sp2	1
Syagrus romanzoffianus	1
Tabebuia 1	10
Tabebuia cassinoides	698
Tibouchina nutticeps	2

# mostra as tres especies mais abundantes
sort(table(caixeta$especie), decreasing = T)[1:3]

Tabebuia cassinoides	Myrcia sulfiflora	Mela 1
698	96	63

# quantos individuos por localidade?
table(caixeta$local)

chauas	jureia	retiro
426	241	360

# especie por localidade
tb <- table(caixeta$especie, caixeta$local)

head(tb, 3) # mostra as tres primeiras linhas

	jureia	retiro
Alchornea triplinervia	3	12
Andira fraxinifolia	4	0
bombacaceae	1	0

# tabela de presenca e ausencia de especie por localidade
tb <- table(caixeta$especie, caixeta$local)
# quem tem mais de 0 individuos está presente
# portanto, substituo por 1
tb[tb > 0] <- 1

head(tb)

	chauas	jureia	retiro
Alchornea triplinervia	0	1	1
Andira fraxinifolia	0	1	0
bombacaceae	0	1	0
Cabralea canjerana	0	1	0
Callophyllum brasiliensis	1	0	0
Calophyllum brasiliensis	0	1	0

# sendo assim, posso ver o numero de especie por localidade aplicando a suma das linha que tem 1 para cada coluna
apply(tb, 2, sum)

## chauas jureia retiro 
##     13     22     13